Reçu habillé en vêtements souples, allongé au sol sur un futon, le shiatsu se pratique par des pressions lentes et profondes, le long des méridiens d'acupuncture, à l'aide des pouces et des paumes des mains d'un praticien diplômé et expérimenté.

Chaque séance dure environ une heure et en général, pour rééquilibrer l'organisme, il faut en moyenne trois séances durant le premier mois, mais une séance peut suffire pour un problème aigu et récent.

Ensuite, comme cela se pratique couramment au Japon, où le shiatsu est une médecine officielle, suivant le rythme de vie et l'hygiène de vie personnelle, une séance par mois environ ou bien une série de trois séances à chaque changement de saison sont bénéfiques :

Cela permet de maintenir l'équilibre énergétique acquis le premier mois, en stimulant les capacités d'autodéfense et d'autorégulation et en renforçant le lâcher-prise émotionnel et mental, pour mieux faire face aux agressions ou aux difficultés de la vie courante.